牟尼溝不僅自然風光瑰麗，也有濃郁的宗教文化氛圍，藏傳佛教在此與自然美景融合在
一起，形成極其獨特的韻味。牟尼溝的藏傳佛教主要是格魯教派，即“黃教”主要寺廟有肖包寺和牟尼后寺。　　
肖包寺 　　
?? 肖包寺距牟尼溝3.7公里，始建于公元1549年，至今已有449余年歷史。寺院占地6000余平方米。寺院內有一塊“佛石”，上面有天然生成的佛教圖像，肖包寺因此而得名。“肖”即“佛石”、“包”即佛石的形像。肖包寺由于地處牟尼溝旅游必經之地，寺廟建在公路旁邊，加之這里地勢開闊，既有草地風光，又兼具了峽谷景觀。草地、山川、河流、松樹融為一體，自然形成了一道獨特的風景線。 　　
牟尼后寺 　　
??? 牟尼后寺座落在風景秀麗的扎嘎溝內，寺院依山傍水，背面是茂密的原始森林，正面是隆崗溝，左面是氣勢宏偉的扎嘎瀑布。海拔3045米，屬格魯教派，始建于1663年，至今已有335年的歷史。寺內藏有大量珍貴藏傳佛教文物，夏日，風和日麗、艷陽高照、
游客在寺院里就可以感受到扎嘎瀑布那驚心動魄的大自然之神美。
溫馨提示：每年農歷1月15日和7月15日都要舉行大型宗教活動。
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溫馨提示：少數民族的禮俗禁忌代表著民族宗教文化和文明習慣。旅游者到了民族地區，如果對民族禮俗禁忌和藏族風俗習慣略知一二，就可以避免麻煩，減少誤會，使你旅途更順利。
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